Отомікози найчастіше викликаються грибами роду Aspergillus niger та Candida spp.. Також збудниками можуть бути дріжджі родів Cryptococcus spp., Rhodotorula spp., Geotrichum candidum, недерматофітні плісняви (наприклад, Fusarium spp., Penicillium spp., Mucorales fungi) та дерматофіти (наприклад, Trichophyton mentagrophytes).

Золотим стандартом діагностики отомікозів є культивування, виділення та ідентифікація грибів з матеріалу, що дає можливість визначити чутливість збудників до антимікотиків для подальшого підбору ефективної терапії.