Отомикозы чаще всего вызываются грибами рода Aspergillus niger и Candida spp.. Также возбудителями могут быть дрожжи родов Cryptococcus spp., Rhodotorula spp., Geotrichum candidum, недерматофитные плесени (например, Fusarium spp., Pecorіllium spp., Mucoryum spp. Trichophyton mentagrophytes).

Золотым стандартом диагностики отомикозов является культивирование, выделение и идентификация грибов из материала, что позволяет определить чувствительность возбудителей к антимикотикам для дальнейшего подбора эффективной терапии.